為了保證飲水健康，必須定期清洗飲水機。目前市場上清洗飲水機的方法主要分為藥片清洗、消毒劑清洗、臭氧清洗和加壓過濾清洗等幾種。
   藥片、消毒劑清洗法清洗飲水機內膽所采用的比較普遍的方法是用去污泡騰片或專用消毒劑。據了解，去污泡騰片這種含氯的藥片經水分解后，可以有效殺滅大腸桿菌、金黃色葡萄球菌、白色念珠菌等病菌。具體的清洗過程是：先打開飲水機后面的排污管，并打開所有開關以排空所有的剩水，將1片去污泡騰片溶解在2升左右的清水里制成消毒液，可以用一小部分消毒液擦洗飲水機的各部位，其余的灌入膽內，過15－20分鐘后，再打開飲水機的開關和排污管，排盡消毒液，用7－8升的清水多次沖洗內膽就可以了。
　 消毒劑清洗則是在按照產品說明進行勾兌后，參照藥片清洗的步驟，就可以完成消毒過程。
　 臭氧殺菌法一些品牌的純凈水、蒸餾水直銷點配備了臭氧消毒機，提供上門清洗服務。據介紹，這一消毒方法是利用臭氧的殺菌作用來達到清洗飲水機的目的，在清洗時，排空機內剩水后，將消毒機的接口和飲水機的入水口對接上，將臭氧注入飲水機內膽，經過大約20分鐘后的熏蒸，裝上水桶后放出少量的水。由于臭氧在常溫下的半衰期為20－50分鐘，幾個小時內可以全部分解，氧化生成為無害的氧氣、水和二氧化碳，在經過臭氧殺菌清洗后，一兩個小時就可以喝到放心的水了。但要注意的是，這種清洗方法不能清除掉水垢等雜質。
　加壓過濾法目前市場上還出現了另外一種采用加壓過濾方法的專業飲水機清洗機械。在清洗時，將清洗機的一端接到飲水機的入水口，另一端接入飲水機下部的排水口，形成一個閉環循環，同時采用專用消毒清洗劑。該方法利用清洗機械自身的循環壓力，可以充分達到清洗的目的，然后通過機械壓力可以將水垢和雜質完全排出。